AT3G52540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.881 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ovate family protein 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ovate family protein 18 (OFP18); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF623 (InterPro:IPR006458); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ovate family protein 15 (TAIR:AT2G36050.1); Has 432 Blast hits to 323 proteins in 54 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 90; Fungi - 44; Plants - 215; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19488716..19489564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31520.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRKMKLPFL NKNTSSSSFS SNSSSSSSSW PWPSSHQQNL KTISSKASFI VNKPKDVYEP EPPPRSFSSS PSSSSYSSFS STSHAIENPP EIESIENVIK 101: GLKSSKRLIF ERRGTSNSIL EEATKRDDHE EEEDGLMLLS LESNDPYTDF KNSMEKMVEV HVLHHDWISL EKLLFWFLKV NVKASHRYIF AAFVDLVLNL 201: AVGPSKDVAG EPNSDVVVED SLSSSWPVSL YSSSDENSST SVRFLPETSI GEKGRDVCCL SSLFELEEKI KDNIDPNDYV SS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)