AT1G22760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : poly(A) binding protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative poly(A) binding protein May there fore function in posttranscriptional regulation, including mRNA turnover and translational initiation. Expression detected only in floral organs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
poly(A) binding protein 3 (PAB3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein (InterPro:IPR002004), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 (InterPro:IPR006515), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: poly(A)-binding protein 5 (TAIR:AT1G71770.2); Has 52215 Blast hits to 23458 proteins in 902 species: Archae - 22; Bacteria - 3112; Metazoa - 26727; Fungi - 6853; Plants - 9433; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6068 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8055599..8058799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72877.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 660 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAAVATGVA PATMVDQVPS PTAQTSVQVP VSIPLPSPVV VADQTHPNSS LYAGDLDPKV TEAHLFDLFK HVANVVSVRV CRDQNRRSLG YAYINFSNPN 101: DAYRAMEALN YTPLFDRPIR IMLSNRDPST RLSGKGNIFI KNLDASIDNK ALFETFSSFG TILSCKVAMD VTGRSKGYGF VQFEKEESAQ AAIDKLNGML 201: MNDKQVFVGH FIRRQERARD ENTPTPRFTN VYVKNLPKEI GEDELRKTFG KFGVISSAVV MRDQSGNSRC FGFVNFECTE AAASAVEKMN GISLGDDVLY 301: VGRAQKKSER EEELRRKFEQ ERINRFEKSQ GANLYLKNLD DSVDDEKLKE MFSEYGNVTS SKVMLNPQGM SRGFGFVAYS NPEEALRALS EMNGKMIGRK 401: PLYIALAQRK EDRRAHLQAL FSQIRAPGPM SGFHHPPGGP MPGPPQHMYV GQNGASMVPS QPIGYGFQPQ FMPGMRPGSG PGNFIVPYPL QRQPQTGPRM 501: GFRRGATNVQ QHIQQQQLMH RNPSPGMRYM NGASNGRNGM DSSVPQGILP PIIPLPIDAS SISHQKAPLL PISKLTSSLA SASPADRTRM LGEQLYPLVE 601: RHEPLHVAKV TGMLLEMDQA EILHLMESPE ALKSKVSEAL DVLRLSVDPT DHDLGFSTTD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)