AT1G23240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Caleosin-related family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Caleosin-related family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Caleosin related (InterPro:IPR007736); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Caleosin-related family protein (TAIR:AT1G70670.1); Has 342 Blast hits to 337 proteins in 61 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 60; Plants - 279; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:8252894..8254494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23852.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSHQTVALAS KAKSPKPKRG KLDKEKMTAL EKHVSFFDRN KDGTVYPWET YQGFRALGTG RLLAAFVAIF INMGLSKKTR PGKGFSPLFP IDVKNSHLCM 101: HGSDTDVYDD DGRFVESKFE EIFNKHARTH KDALTAEEIQ KMLKTNRDPF DITGWLSDYG EWKILHTLAQ DKNGLLSEKS VRAIYDGSLF HQLEKKRSSS 201: SSRGKKQKLP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)