AT2G23800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : geranylgeranyl pyrophosphate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an endoplasmic reticulum-targeted geranylgeranyl pyrophosphate synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
geranylgeranyl pyrophosphate synthase 2 (GGPS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: geranylgeranyl pyrophosphate synthase 4 (TAIR:AT2G18640.1); Has 16682 Blast hits to 16674 proteins in 2948 species: Archae - 341; Bacteria - 9381; Metazoa - 343; Fungi - 516; Plants - 473; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 5616 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10131619..10132749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41341.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 376 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPQILFLYL SLFILSLNFF FTNLKPRLVR LFQPSLESRV KTALLSRKEV AAFLDSPIVE DEEGEEREEE EEGGIVSNAN FTFEFDPYMM SKAESVNKAL 101: EEAIPVGEPL KIHEAMRYAI LAAGKRVRPI LCLASCELVG GQENAAMPAA CAVEMIHTMS LIKDDLPCMD NDDLRRGKPT THKVYGEGVA ILSGGALLSL 201: AFEHMTTAEI SSERMVWAVR ELARSIGTRG LVAGQAMDIS SEGLDLNEVG LEHLEFIHVH KTAVLLETAA VLGAIIGGGS DEEIESVRKF ARCIGLLFQV 301: VDDILDETKS SEELGKTAGK DQLAGKLTYP KLIGLEKSKE FVKRLTKDAR QHLQGFSSEK VAPLVALTTF IANRNK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)