AT1G21690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATPase family associated with various cellular activities (AAA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1968 (EMB1968); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: DNA replication factor C complex, nucleolus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), Replication factor C (InterPro:IPR013748), DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal (InterPro:IPR008921); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: replication factor C 2 (TAIR:AT1G63160.1); Has 18128 Blast hits to 18077 proteins in 2897 species: Archae - 631; Bacteria - 10254; Metazoa - 847; Fungi - 935; Plants - 386; Viruses - 88; Other Eukaryotes - 4987 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7615675..7618362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37509.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 339 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPVLQSSQP WVEKYRPKQV KDVAHQEEVV RVLTNTLQTA DCPHMLFYGP PGTGKTTTAL AIAHQLFGPE LYKSRVLELN ASDDRGINVV RTKIKDFAAV 101: AVGSNHRQSG YPCPSFKIII LDEADSMTED AQNALRRTME TYSKVTRFFF ICNYISRIIE PLASRCAKFR FKPLSEEVMS NRILHICNEE GLSLDGEALS 201: TLSSISQGDL RRAITYLQSA TRLFGSTITS TDLLNVSGVV PLEVVNKLFT ACKSGDFDIA NKEVDNIVAE GYPASQIINQ LFDIVAEADS DITDMQKAKI 301: CKCLAETDKR LVDGADEYLQ LLDVASSTIC ALSEMAQDF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)