AT1G77470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : replication factor C subunit 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with high homology to the Replication Factor C, Subunit 3 (RFC3) of yeast and other eukaryotes. rfc3 mutants are hypersensitive to salicylic acid and exhibit enhanced induction of PR genes and resistance against virulent oomycete Hyaloperonospora arabidopsidis Noco2. The enhanced pathogen resistance in the mutant is NPR1-independent. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
replication factor C subunit 3 (RFC3); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: negative regulation of defense response; LOCATED IN: DNA replication factor C complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), Replication factor C (InterPro:IPR013748), DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal (InterPro:IPR008921); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATPase family associated with various cellular activities (AAA) (TAIR:AT1G21690.1); Has 17584 Blast hits to 17541 proteins in 2810 species: Archae - 637; Bacteria - 9895; Metazoa - 902; Fungi - 991; Plants - 392; Viruses - 88; Other Eukaryotes - 4679 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29112194..29114323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41372.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 369 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTELTSAMDI DVDEIQPRKP INKGKDVVGF GPPPQSKATP WVEKYRPQSL DDVAAHRDII DTIDRLTNEN KLPHLLLYGP PGTGKTSTIL AVARKLYGPK 101: YRNMILELNA SDDRGIDVVR QQIQDFASTQ SFSLGKSSVK LVLLDEADAM TKDAQFALRR VIEKYTKSTR FALIGNHVNK IIPALQSRCT RFRFAPLDGV 201: HMSQRLKHVI EAERLVVSDC GLAALVRLSN GDMRKALNIL QSTHMASKEI TEEESKQITE EDVYLCTGNP LPKDIEQISH WLLNKPFDEC YKDVSEIKTR 301: KGLAIVDIVK EITLFIFKIK MPSAVRVQLI NDLADIEYRL SFGCNDKLQL GAIISTFTHA RSIIVGAAK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)