AT3G15150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a SUMO E3 ligase that regulates endocycle onset and meristem maintenance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HIGH PLOIDY2 (HPY2); Has 268 Blast hits to 268 proteins in 104 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 139; Fungi - 53; Plants - 46; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5102210..5104082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27718.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 249 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASASSSDGV AGRIQNASLV LVSDNSSTLA DIRKAVAMMK NIAVQLEKEN QTDKVKDLEN SVAELLDLHS DCNHRSTAIQ SVANRYQPVE QLTDFKKLLD 101: DEFTKLKATP SSVPQNDHLM RQFREAVWNV HHAGEPMPGD DDEDIVMTST QCPLLNMTCP LSGKPVTELA DPVRSMDCRH VYEKSVILHY IVNNPNANCP 201: VAGCRGKLQN SKVICDAMLK FEIEEMRSLN KQSNRAEVIE DFTEDVDED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)