AT5G20840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.819 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphoinositide phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Phosphoinositide phosphatase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Synaptojanin, N-terminal (InterPro:IPR002013); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide phosphatase family protein (TAIR:AT3G43220.1); Has 1872 Blast hits to 1673 proteins in 232 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 657; Fungi - 613; Plants - 279; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 311 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7061638..7068572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 94052.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 831 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSSPSVENG GSGSSGSSAL LGCMQQFKLF ETQANFYMIG WNGSGVYRIL KIDRLEASEL NLREDSTAYT KKECYELLKR IHEGNKATGG LKLVTVCYGI 101: IGFIKFLGPY YMLLITERRE IGEICGHIVY EVSKSDMIAL QHSSVLCNTA NLRDENRYKR LLCMVDLTKD FFFSYSYNIM RSFQKNICDH ESGGTLYKKM 201: FVWNEFLTRG TRHHLRNTLW TVALVYGFFK QTILSEAGRN FKLTLIARRS RHNAGTRYLK RGINESGNVA NDVETEQIVS EDVPVDRPMQ ISSVVQNRGS 301: IPLFWSQETS RMKVKPDIVL SKRDLNYEAT RVHFENLVER YGVPIIILNL IKTNERKPRE SILRAEFANA IDFINKDLPE ENRLRFLHWD LHKHFHSKTE 401: NVLALLGKVA ACALMLTGFF YYQLTPAMKL EGYMSLSSSD ADTSPHNSSD DDSRDYDSLE KNCRPSKNVA NGDYDVKPSR LQSGVLRTNC IDCLDRTNVA 501: QYAYGWAALG QQLHALGIRD APTIELDDPL SSTLMGLYER MGDTLAYQYG GSAAHNKVFS ERRGQWRAAT QSQEFLRTLQ RYYNNAYMDA DKQDAINIFL 601: GTFRPEQGSQ AVWELRSDSH SNGRSGEISM GEDEKFLVKR CLSDGNILHE SHTPMSAMSR KNESISHRGF VSSHQVTRTH IISESSPDMP AAGDVTLSRC 701: TPSMPSTHFF GDVQKVQHNG SSSIYLSEQE DMSSVSNFVD IEWLSSSENL CENDHLSRPS ALTIYSTAET SSSENIITEV KQLTPAMRES GSSSRKGKEP 801: VETELSVHTK IRDDFPDSFK QWVAYGEALC H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)