AT2G03120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : signal peptide peptidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homologous to Signal Peptide Peptidases (SPP), required for pollen development and pollen germination. No homozygotes could be recovered from a T-DNA insertion mutant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
signal peptide peptidase (SPP); FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: pollen germination, pollen development; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, endoplasmic reticulum membrane; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase A22, presenilin signal peptide (InterPro:IPR006639), Peptidase A22B, signal peptide peptidase (InterPro:IPR007369); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE 1 (TAIR:AT4G33410.1); Has 989 Blast hits to 959 proteins in 196 species: Archae - 4; Bacteria - 0; Metazoa - 468; Fungi - 136; Plants - 243; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 138 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:937554..940083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38341.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKNCERFANL ALAGLTLAPL VVRVNPNLNV ILTACITVYV GCFRSVKDTP PTETMSKEHA MRFPLVGSAM LLSLFLLFKF LSKDLVNAVL TAYFFVLGIV 101: ALSATLLPAI RRFLPNPWND NLIVWRFPYF KSLEVEFTKS QVVAGIPGTF FCAWYAWKKH WLANNILGLS FCIQGIEMLS LGSFKTGAIL LAGLFFYDIF 201: WVFFTPVMVS VAKSFDAPIK LLFPTGDALR PYSMLGLGDI VIPGIFVALA LRFDVSRRRQ PQYFTSAFIG YAVGVILTIV VMNWFQAAQP ALLYIVPAVI 301: GFLASHCIWN GDIKPLLAFD ESKTEEATTD ESKTSEEVNK AHDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)