AT5G63470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear factor Y, subunit C4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
nuclear factor Y, subunit C4 (NF-YC4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone (InterPro:IPR003958), Histone-fold (InterPro:IPR009072); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear factor Y, subunit C1 (TAIR:AT3G48590.1); Has 1376 Blast hits to 1376 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 467; Fungi - 353; Plants - 441; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25416037..25417084 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27033.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNNNNNNNQ QPPPTSVYPP GSAVTTVIPP PPSGSASIVT GGGATYHHLL QQQQQQLQMF WTYQRQEIEQ VNDFKNHQLP LARIKKIMKA DEDVRMISAE 101: APILFAKACE LFILELTIRS WLHAEENKRR TLQKNDIAAA ITRTDIFDFL VDIVPREEIK EEEDAASALG GGGMVAPAAS GVPYYYPPMG QPAVPGGMMI 201: GRPAMDPSGV YAQPPSQAWQ SVWQNSAGGG DDVSYGSGGS SGHGNLDSQG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)