AT2G46790.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : pseudo-response regulator 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Pseudo-response regulator PRR9. Involved in clock function. PRR7 and PRR9 are partially redundant essential components of a temperature-sensitive circadian system. CCA1 and LHY had a positive effect on PRR9. Interact with TOC1 in a yeast two-hybrid assay. Acts as transcriptional repressor of CCA1 and LHY. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pseudo-response regulator 9 (PRR9); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CheY-like (InterPro:IPR011006), Signal transduction response regulator, receiver domain (InterPro:IPR001789), CCT domain (InterPro:IPR010402); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CCT motif family protein (TAIR:AT2G46670.1); Has 67918 Blast hits to 66591 proteins in 3038 species: Archae - 212; Bacteria - 59069; Metazoa - 375; Fungi - 591; Plants - 3099; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 4568 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19232874..19234901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52567.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 468 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGEIVVLSSD DGMETIKNRV KSSEVVQWEK YLPKTVLRVL LVESDYSTRQ IITALLRKCC YKVVAVSDGL AAWEVLKEKS HNIDLILTEL DLPSISGFAL 101: LALVMEHEAC KNIPVIMMSS QDSIKMVLKC MLRGAADYLI KPMRKNELKN LWQHVWRRLT LRDDPTAHAQ SLPASQHNLE DTDETCEDSR YHSDQGSGAQ 201: AINYNGHNKL MENGKSVDER DEFKETFDVT MDLIGGIDKR PDSIYKDKSR DECVGPELGL SLKRSCSVSF ENQDESKHQK LSLSDASAFS RFEESKSAEK 301: AVVALEESTS GEPKTPTESH EKLRKVTSDQ GSATTSSNQE NIGSSSVSFR NQVLQSTVTN QKQDSPIPVE SNREKAASKE VEAGSQSTNE GIAGQSSSTE 401: KPKEEESAKQ RWSRSQREAA LMKFRLKRKD RCFDKKVRYQ SRKKLAEQRP RVKGQFVRTV NSDASTKS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)