AT5G62165.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a MADS box transcription factor. Expressed in quiescent center. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 42 (AGL42); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGAMOUS-like 20 (TAIR:AT2G45660.1); Has 7152 Blast hits to 7150 proteins in 910 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 666; Fungi - 313; Plants - 6035; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24965075..24968437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24674.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRGKIEMKK IENATSRQVT FSKRRNGLLK KAYELSVLCD AQLSLIIFSQ RGRLYEFSSS DMQKTIERYR KYTKDHETSN HDSQIHLQQL KQEASHMITK 101: IELLEFHKRK LLGQGIASCS LEELQEIDSQ LQRSLGKVRE RKAQLFKEQL EKLKAKEKQL LEENVKLHQK NVINPWRGSS TDQQQEKYKV IDLNLEVETD 201: LFIGLPNRNC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)