AT2G14210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
MADS box gene, transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 44 (AGL44); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to nutrient, lateral root development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGAMOUS-like 21 (TAIR:AT4G37940.1); Has 7244 Blast hits to 7231 proteins in 902 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 640; Fungi - 309; Plants - 6146; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 139 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:6018841..6023585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26804.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 234 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRGKIVIRR IDNSTSRQVT FSKRRSGLLK KAKELSILCD AEVGVIIFSS TGKLYDYASN SSMKTIIERY NRVKEEQHQL LNHASEIKFW QREVASLQQQ 101: LQYLQECHRK LVGEELSGMN ANDLQNLEDQ LVTSLKGVRL KKDQLMTNEI RELNRKGQII QKENHELQNI VDIMRKENIK LQKKVHGRTN AIEGNSSVDP 201: ISNGTTTYAP PQLQLIQLQP APREKSIRLG LQLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)