AT5G40810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytochrome C1 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cytochrome C1 family; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, iron ion binding, heme binding, electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex activity; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial respiratory chain, vacuole, mitochondrial respiratory chain complex III, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome c1 (InterPro:IPR002326), Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal (InterPro:IPR021157), Cytochrome c domain (InterPro:IPR009056); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytochrome C1 family (TAIR:AT3G27240.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16340200..16342327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33692.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 307 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGGGVIRQL LRRKLHSQSV ATPVLSWLSS KKANEDAGSA GLRAFALMGA GITGLLSFST VASADEAEHG LECPNYPWPH EGILSSYDHA SIRRGHQVYQ 101: QVCASCHSMS LISYRDLVGV AYTEEEAKAM AAEIEVVDGP NDEGEMFTRP GKLSDRLPEP YSNESAARFA NGGAYPPDLS LVTKARHNGQ NYVFALLTGY 201: RDPPAGISIR EGLHYNPYFP GGAIAMPKML NDEAVEYEDG TPATEAQMGK DVVSFLSWAA EPEMEERKLM GFKWIFLLSL ALLQAAYYRR LKWSVLKSRK 301: LVLDVVN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)