AT1G53240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Lactate/malate dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Lactate/malate dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: malate dehydrogenase activity, copper ion binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress, response to cold, defense response to bacterium, peptidyl-cysteine S-nitrosylation; LOCATED IN: mitochondrion, cell wall, chloroplast; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), Malate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryote/gamma proteobacteria (InterPro:IPR010097), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), Malate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR001252), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Lactate/malate dehydrogenase family protein (TAIR:AT3G15020.1); Has 17502 Blast hits to 17499 proteins in 5422 species: Archae - 240; Bacteria - 12205; Metazoa - 1281; Fungi - 536; Plants - 649; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2591 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19854966..19856802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35806.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFRSMLVRSS ASAKQAVIRR SFSSGSVPER KVAILGAAGG IGQPLALLMK LNPLVSSLSL YDIANTPGVA ADVGHINTRS EVVGYMGDDN LAKALEGADL 101: VIIPAGVPRK PGMTRDDLFN INAGIVKNLC TAIAKYCPHA LINMISNPVN STVPIAAEIF KKAGMYDEKK LFGVTTLDVV RARTFYAGKA NVPVAEVNVP 201: VIGGHAGVTI LPLFSQATPQ ANLSSDILTA LTKRTQDGGT EVVEAKAGKG SATLSMAYAG ALFADACLKG LNGVPDVIEC SYVQSTITEL PFFASKVRLG 301: KNGVEEVLDL GPLSDFEKEG LEALKPELKS SIEKGVKFAN Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)