AT5G38110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : anti- silencing function 1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene is predicted to encode a silencing group A protein. Plant lines expressing RNAi constructs directed against SGA1 have reduced levels of agrobacterium-mediated root transformation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
anti- silencing function 1b (ASF1B); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: DNA mediated transformation, nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone chaperone, ASF1-like (InterPro:IPR006818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ASF1 like histone chaperone (TAIR:AT1G66740.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15208643..15210064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24701.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 218 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSINITNVT VLDNPAPFVN PFQFEISYEC LTSLKDDLEW KLIYVGSAED ETYDQVLESV LVGPVNVGNY RFVLQADSPD PLKIREEDII GVTVLLLTCS 101: YMDQEFIRVG YYVNNDYDDE QLREEPPTKV LIDKVQRNIL TDKPRVTKFP INFHPENEQT LGDGPAPTEP FADSVVNGEA PVFLEQPQKL QEIEQFDDSD 201: VNGEAIALLD QPQNLQET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)