AT3G54560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone H2A 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes HTA11, a histone H2A protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone H2A 11 (HTA11); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: flower development, detection of temperature stimulus, defense response to bacterium; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H2A (InterPro:IPR002119), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone H2A 8 (TAIR:AT2G38810.2); Has 3864 Blast hits to 3859 proteins in 326 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2525; Fungi - 296; Plants - 612; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 429 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20196532..20197466 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14541.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 136 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGKGGKGLV AAKTMAANKD KDKDKKKPIS RSARAGIQFP VGRIHRQLKT RVSAHGRVGA TAAVYTASIL EYLTAEVLEL AGNASKDLKV KRITPRHLQL 101: AIRGDEELDT LIKGTIAGGG VIPHIHKSLI NKTTKE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)