AT1G01370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Histone superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a centromere-identifying protein histone H3 variant. Localized at centromeres in both mitotic and meiotic cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HTR12; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: double fertilization forming a zygote and endosperm; LOCATED IN: chromosome, centromeric region, nucleus; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H3 (InterPro:IPR000164), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: male-gamete-specific histone H3 (TAIR:AT1G19890.1); Has 14361 Blast hits to 14354 proteins in 7190 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 10494; Fungi - 2020; Plants - 1256; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 591 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:143773..145400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19710.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 178 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARTKHRVTR SQPRNQTDAA GASSSQAAGP TTTPTRRGGE GGDNTQQTNP TTSPATGTRR GAKRSRQAMP RGSQKKSYRY RPGTVALKEI RHFQKQTNLL 101: IPAASFIREV RSITHMLAPP QINRWTAEAL VALQEAAEDY LVGLFSDSML CAIHARRVTL MRKDFELARR LGGKGRPW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)