AT5G26340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with high affinity, hexose-specific/H+ symporter activity. The activity of the transporter appears to be negatively regulated by phosphorylation. Importantly, microarray analysis, as well as the study of the expression of this gene in mutants involved in programmed cell death (PCD) demonstrated a tight correlation between this gene's expression and PCD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MSS1; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, high-affinity hydrogen:glucose symporter activity, sugar:hydrogen symporter activity, hexose:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: response to salt stress, apoptosis, phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sugar transporter protein 7 (TAIR:AT4G02050.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:9243851..9246994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57422.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 526 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTGGGFATSA NGVEFEAKIT PIVIISCIMA ATGGLMFGYD VGVSGGVTSM PDFLEKFFPV VYRKVVAGAD KDSNYCKYDN QGLQLFTSSL YLAGLTATFF 101: ASYTTRTLGR RLTMLIAGVF FIIGVALNAG AQDLAMLIAG RILLGCGVGF ANQAVPLFLS EIAPTRIRGG LNILFQLNVT IGILFANLVN YGTAKIKGGW 201: GWRLSLGLAG IPALLLTVGA LLVTETPNSL VERGRLDEGK AVLRRIRGTD NVEPEFADLL EASRLAKEVK HPFRNLLQRR NRPQLVIAVA LQIFQQCTGI 301: NAIMFYAPVL FSTLGFGSDA SLYSAVVTGA VNVLSTLVSI YSVDKVGRRV LLLEAGVQMF FSQVVIAIIL GVKVTDTSTN LSKGFAILVV VMICTYVAAF 401: AWSWGPLGWL IPSETFPLET RSAGQSVTVC VNLLFTFIIA QAFLSMLCHF KFGIFIFFSA WVLIMSVFVM FLLPETKNIP IEEMTERVWK KHWFWARFMD 501: DHNDHEFVNG EKSNGKSNGF DPSTRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)