AT5G24780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vegetative storage protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an acid phosphatase similar to soybean vegetative storage proteins. Gene expression is induced by wounding and jasmonic acid. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vegetative storage protein 1 (VSP1); FUNCTIONS IN: transcription factor binding, acid phosphatase activity; INVOLVED IN: response to jasmonic acid stimulus, response to wounding, defense response; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: fruit, gynoecium, valve; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Acid phosphatase (Class B) (InterPro:IPR005519), Vegetative storage protein/acid phosphatase (InterPro:IPR014403), Acid phosphatase, plant (InterPro:IPR010028); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vegetative storage protein 2 (TAIR:AT5G24770.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8507783..8508889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30263.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 270 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKILSLSLLL LLAATVSHVQ SSASVPGLIE LLESNTIFGN EAELLEKEGL SINYPNCRSW HLGVETSNII NFDTVPANCK AYVEDYLITS KQYQYDSKTV 101: NKEAYFYAKG LALKNDTVNV WIFDLDDTLL SSIPYYAKYG YGTENTAPGA YWSWLESGES TPGLPETLHL YENLLELGIE PIIISDRWKK LSEVTVENLK 201: AVGVTKWKHL ILKPNGSKLT QVVYKSKVRN SLVKKGYNIV GNIGDQWADL VEDTPGRVFK LPNPLYYVPS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)