AT3G16470.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Mannose-binding lectin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
JA-responsive gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
JASMONATE RESPONSIVE 1 (JR1); INVOLVED IN: response to jasmonic acid stimulus, response to salt stress, response to cold, response to wounding; LOCATED IN: chloroplast, nucleus, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myrosinase-binding protein 1 (TAIR:AT1G52040.1); Has 1845 Blast hits to 772 proteins in 43 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 1837; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5596096..5597709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48499.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 451 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKKLEAQGG RGGEEWDDGG AYENVKKVYV GQGDSGVVYV KFDYEKDGKI VSHEHGKQTL LGTEEFVVDP EDYITSVKIY YEKLFGSPIE IVTALIFKTF 101: KGKTSQPFGL TSGEEAELGG GKIVGFHGSS SDLIHSVGVY IIPSTTPLTP PVSGGLTKLE AQGGRGGDVW DDGGAYDNVK KVYVGQGDSG VVYVKFDYEK 201: DGKIVSLEHG KQTLLGTEEF EIDPEDYITY VKVYYEKLFG SPIEIVTALI FKTFKGKTSQ PFGLTSGEEA ELGGGKIVGF HGTSSDLIHS LGAYIIPSST 301: PLTPSSNTIP AQGGDGGVAW DDGVHDSVKK IYVGQGDSCV TYFKADYEKA SKPVLGSDHG KKTLLGAEEF VLGPDEYVTA VSGYYDKIFS VDAPAIVSLK 401: FKTNKRTSIP YGLEGGTEFV LEKKDHKIVG FYGQAGEYLY KLGVNVAPIA K |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)