AT5G13860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ELCH-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ELCH-like (ELC-Like); FUNCTIONS IN: small conjugating protein ligase activity; INVOLVED IN: regulation of protein metabolic process, protein modification process, protein transport, post-translational protein modification; LOCATED IN: ESCRT I complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Tumour susceptibility gene 101 (InterPro:IPR008883), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608), Steadiness box (InterPro:IPR017916); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like protein (TAIR:AT3G12400.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4473212..4474318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41497.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 368 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPPPAKMQE IHQFLSSALT QRGPSALPYA ENTKSLIRQH LLNLISSYTS LDPKTATFTH NDGRSVILLQ ADGTIPMPFQ GVSYNIPVVI WLLESYPQYP 101: PCVYVNPTRD MIIKRPHSNV SPSGLVSLPY LQNWIYPSSN LVDLASHLSA AFSRDPPLYS QRRPPPQPSP SIGSGYSRPL PPRQTDDAAE VYKKNAINRI 201: VEMVHGDIVL MRSAREVETE GLLSLQSDLK RREEEINNGF KEMVIEKETL EQQLQVIAMN TDVLGSWIRE NQGKAKDLLV DLDVDDSFEC IDSLSKQMLE 301: CTALDLAIED VVYSMDKSFR DGSLPFDQYL RNVRLLSREQ FFHRATAEKV REIQMDAQVA SIAARLHS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)