AT2G47970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nuclear pore localisation protein NPL4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nuclear pore localisation protein NPL4; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NPL4 (InterPro:IPR007717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NPL4-like protein 1 (TAIR:AT3G63000.1); Has 392 Blast hits to 392 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 132; Fungi - 106; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 87 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19629525..19630973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46172.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMLRIRSRD GLERVTAEGA HITVSQLKTL IADQLQIPLH KQTLSTNRDL LLAKTPADLL AFTDLTDPNL PLSSLNLGHG SMLYLAYDGE RSIPGAPPVT 101: PAGSFGRKMT VDDLIARQMR VTRQETSHCD SVSFDRDAAN AFQHYVNESL AFAVKRGGFM YGTVTEEGQV EVDFIYEPPQ QGTEANLILM RDADEEKRVD 201: AIAMGLGMRR VGFIFNQTVV QDKTEYTLSN AEVLQAAELH AESELKEWVT AVVKLEVNED GGADVHFEAF QMSDMCIRLF KEEWFETEIM PDDDPKLSKM 301: KKEVVVGVKD LKEVDNDFFL VLVRILDHQG PLSSTFPIEN RSSRATMRAL KTHLDRAKSL PLVKKMSDFH LLLFVAQFLD VSSDVPALAE CVRLQSPVPE 401: GYALLIESMA NTC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)