AT1G28200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.695 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FH interacting protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
VirF-interacting protein FIP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FH interacting protein 1 (FIP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GRAM (InterPro:IPR004182); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRAM domain family protein (TAIR:AT2G22475.1); Has 416 Blast hits to 413 proteins in 43 species: Archae - 4; Bacteria - 12; Metazoa - 9; Fungi - 9; Plants - 369; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9850395..9852300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27959.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 259 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGQENHDHG RISSTPAAAS EPSKAAAHSS DYAPYPKLDP TDVTPPPPQP IPTGAAATTM PAESNPYVSP SPAPRNTMDS VKDTLGKWGK MAADATKKAE 101: DLAGNFWQHL KTGPSVADAA VSRIAQGTKI LAEGGYEKVF KQTFDCLPDE KLLKTYACYL STSAGPVLGV MYLSTHKLAF SSDNPLSYKE GEQTLWSYYK 201: VVLPANQLKA VNPSTSRVNT SDKYIQVISI DNHEFWFMGF VTYESAVKSL QEAVQSHGP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)