AT4G27040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.509 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EAP30/Vps36 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VPS22; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ESCRT-2 complex, Snf8 (InterPro:IPR016689), EAP30 (InterPro:IPR007286); Has 376 Blast hits to 376 proteins in 192 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 130; Fungi - 138; Plants - 60; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13573061..13574576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28311.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRRPGIGGL QKAAAARDQY RLLGENVAKL RTDMMKEQLS TFRSQLEEFA RKHKNDIRKN PAFRAQFHEM CANIGVDPLA SNKGFWAELL GIGDFYYELG 101: VQIIEVCMLT RSHNGGLISL QELCNHLRQR RKKDREAVTE DDCLRAISKL KVLGSGFEVI TIGKKKLVRS VPTELNKDHN QILELAQGQG FVIVEEVQRR 201: LSWTSGRVID ALETLLEEGL AMIDNGHKDG KCRYWFPCVS SVYSSIGSDT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)