AT4G05000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VPS28-2; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vacuolar protein sorting-associated, VPS28, N-terminal (InterPro:IPR017898), Vacuolar protein sorting-associated, VPS28, C-terminal (InterPro:IPR017899), Vacuolar protein sorting-associated, VPS28 (InterPro:IPR007143); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog 1 (TAIR:AT4G21560.3); Has 389 Blast hits to 388 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 134; Fungi - 146; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2563953..2564585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23690.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMEVKLWNDK REREMYENFA ELFAIIKATE KLEKAYIRDL INPSEYESEC QKLIVHFKTL SATLKDTVPN IERFADTYKM DCPAALYRLV TSGLPATVEH 101: RATVAASTSN SASIVAECVQ NFITSMDSLK LNMVAVDQVY PLLSDLSASL NKLSILPPDF EGKTKMKEWL SRLSKMGAAD ELTEQQSRQL HFDLESSYNS 201: FMAALPKAGN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)