AT2G21240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic pentacysteine 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
basic pentacysteine 4 (BPC4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GAGA binding-like (InterPro:IPR010409); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic pentacysteine 5 (TAIR:AT4G38910.2); Has 263 Blast hits to 247 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 40; Fungi - 0; Plants - 219; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9101515..9102489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33308.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 296 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENGGQYDNA RFKPDYFKGA QSMWNMIPQH QIKEQHNALV MNKKIMSILA ERDAAVHERN QAVSAKKEAV AARDEALQQR DKALSERDKA LIERDNAYAA 101: LQHHENSLNF ALSGGKCVDG DDCFGIGEPH KLEVFPLSTI PPEVTNTKVV NKRKKENKQG LSKVKKVGED LNRRVPAPGK KSRTDWDSQD VGLNLVTFDE 201: TTMPVPMCSC TGSTRQCYKW GNGGWQSSCC TTTLSQYPLP QMPNKRHSRM GGRKMSGNVF SRLLSRLSAE GYDLSCPVDL KDYWARHGTN RYITIK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)