AT4G27050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.528 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT2G29930.3); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13575884..13577429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51303.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 453 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTDLISNLP DDVLGKILSL VPTKLAAATS VLSKRWRNLL PLVDSLDFDE TMLFYPDNKD GEDEASSYES GQRRRHSFSH FVDKTLALLS NAPLTEKFSL 101: KCYHEDDGAR INRWIRTALE RGCLELNLEA ANYLPIDSQY FTSNTLVKLT ISDGFYPGGH LLPFGGVFFP ALKTLTLVSV CFTSVEMINF FIHGCPALEE 201: LFLCVWMQYM SSPNVKRVTI TSDFDDDIQR PSMVLKTPSL VYLDYSSYVA GNYYVVLDSL VEARLDLRLY EPIIYDEDGL WNAEVFGNIT NLIEAIRTIK 301: ILHLSPSSLE VFYYCCDLPV LEDLVNLSIE SDKEKGWEVM PRLLNKSPNL QTLVVKGLVH RVTYCCGDAC ACIRMKDREI VSCLSRCRVK VLKILGYGGS 401: FRELKQMRHF LGKLKCLETV KVGVKEGSKK SNYLVANVMA LPRVSSKCKI QFI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)