AT5G11960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.546 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF803) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF803); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF803 (InterPro:IPR008521); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3858852..3861462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37390.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWESICLTLA ATAGNNIGKV LQKKGTIILP PLSLKLKVLR AYAENKPWAL GFLMDIVGAL LMLRALSLAP VSVVQPVSGC GLAILSVFSH FYLKEVMNVF 101: DWIGITVAGI GTIGVGAGGE EQEASLISVF QLLWLALVVA ILFVLLNAWL HIFKRQRREQ ELGEYEVVEE IIYGLESGIL FGMASVVSKM GFVFVEQGFS 201: TMFIPMCISI SICCSGTGFF YQTRGLKHGR AIVVSTCAAV ASIVTGVVAG MFALGEKLPT SPSGRLLLLL GWLLIMLGVV LLVTSSRLIR HLPRSFRRSR 301: QTSLERGFNI RRTTSHTPKD TNPSAVIQAA TLHHLLSSPS KDKD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)