AT1G32400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tobamovirus multiplication 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
TOM2A encodes a 280 amino acid putative four-pass transmembrane protein with a C-terminal farnesylation signal, essential for efficient multiplication of tobacco mosaic viruses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tobamovirus multiplication 2A (TOM2A); FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: viral replication complex formation and maintenance; LOCATED IN: vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetraspanin (InterPro:IPR018499); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetraspanin family protein (TAIR:AT2G20230.1); Has 929 Blast hits to 927 proteins in 94 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 729; Fungi - 0; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11689393..11690873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31557.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 280 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MACRGCLECL LKLLNFLLAV AGLGMIGYGI YLFVEYKRVT DNSVTFDLTN GDQSYVSFGR PILMAVSLSS NIFDNLPKAW FIYLFIGIGV ALFVISCCGC 101: VGTCSRSVCC LSCYSLLLIL LILVELGFAA FIFFDNSWRD ELPSDRTGNF DTIYNFLREN WKIVRWVALG AVVFEALLFL LALMVRAANT PAEYDSDDEY 201: LAPRQQIRQP FINRQAAPVT GVPVAPTLDQ RPSRSDPWSA RMREKYGLDT SEFTYNPSES HRFQQMPAQP NEEKGRCTIM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)