AT1G32410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Vacuolar protein sorting 55 (VPS55) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Vacuolar protein sorting 55 (VPS55) family protein; FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: transport; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Vacuolar protein sorting 55 (InterPro:IPR007262); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Vacuolar protein sorting 55 (VPS55) family protein (TAIR:AT3G11530.2); Has 430 Blast hits to 430 proteins in 163 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 181; Fungi - 137; Plants - 85; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11694398..11695297 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15025.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 140 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADVPGYLRT CLDMGKIAFL AILVSTGIVL QILACALFNN WWPMLSVIMY VLLPMPLLFF GGSDSTSLFN ESDNSWINAA KFLTGASAVG SVAIPSILKH 101: AGLIGWGALA LDLSSYVVFL VAILGYICIG DASDNYYSYI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)