AT4G34720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATPase, F0/V0 complex, subunit C protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
vacuolar H+-pumping ATPase 16 kDa proteolipid (ava-p1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AVA-P1; FUNCTIONS IN: ATPase activity, proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism; INVOLVED IN: proton transport, ATP synthesis coupled proton transport; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, F0/V0 complex, subunit C (InterPro:IPR002379), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C, eukaryotic (InterPro:IPR011555), ATPase, V0 complex, proteolipid subunit C (InterPro:IPR000245); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vacuolar-type H(+)-ATPase C3 (TAIR:AT4G38920.1); Has 2722 Blast hits to 2495 proteins in 678 species: Archae - 169; Bacteria - 703; Metazoa - 633; Fungi - 468; Plants - 344; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 405 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16568223..16569165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16572.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTFSGDETA PFFGFLGAAA ALVFSCMGAA YGTAKSGVGV ASMGVMRPEL VMKSIVPVVM AGVLGIYGLI IAVIISTGIN PKAKSYYLFD GYAHLSSGLA 101: CGLAGLSAGM AIGIVGDAGV RANAQQPKLF VGMILILIFA EALALYGLIV GIILSSRAGQ SRAE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)