AT4G39990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog A4B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
GTP-binding protein ATGB3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog A4B (RABA4B); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: endocytic recycling; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab11-related (InterPro:IPR015595); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A4A (TAIR:AT5G65270.1); Has 29206 Blast hits to 29157 proteins in 775 species: Archae - 30; Bacteria - 156; Metazoa - 15160; Fungi - 4303; Plants - 3469; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 6068 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18542722..18543779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24407.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 224 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGGGGYGGA SGKVDYVFKV VLIGDSAVGK SQLLARFARD EFSMDSKATI GVEFQTRTLS IEQKSIKAQI WDTAGQERYR AVTSAYYRGA VGAMLVYDMT 101: KRETFEHIPR WLEELRAHAD KNIVIILIGN KSDLEDQRAV PTEDAKEFAE KEGLFFLETS ALNATNVENS FNTLMTQIYN TVNKKNLASE GDSNNPGSLA 201: GKKILIPGSG QEIPAKTSTC CTSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)