AT3G60220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.995 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : TOXICOS EN LEVADURA 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative RING-H2 zinc finger protein ATL4 (ATL4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TOXICOS EN LEVADURA 4 (ATL4); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G72200.1); Has 8923 Blast hits to 8901 proteins in 292 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 2301; Fungi - 667; Plants - 4759; Viruses - 54; Other Eukaryotes - 1134 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22254790..22255794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36563.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESLINPSHG GGNYDSHSSS LDSLKPSVLV IILILLMTLL ISVSICFLLR CLNRCSHRSV LPLSSSSSVA TVTSDSRRFS GHRVSPETER SSVLDSLPIF 101: KFSSVTRRSS SMNSGDCAVC LSKFEPEDQL RLLPLCCHAF HADCIDIWLV SNQTCPLCRS PLFASESDLM KSLAVVGSNN GGGENSFRLE IGSISRRRQT 201: PIPESVEQHR TYSIGSFDYI VDDVDSEISE SNFNRGKQED ATTTTATATA VTTNPTSFEA SLAADIGNDG SRSWLKDYVD RLSRGISSRA MSFRSSGRFF 301: TGSSRRSEEL TVMDLEANHA GEEISELFRW LSGV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)