AT4G30400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.517 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to karrikin; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G18650.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14867068..14868486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52341.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 472 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFSRENMKW VFPEIKTTQN FLSPSSLPQE PPLSLRSSAN FDLNSKISPS ILLIIIILSI IFFISGLLHL LVRFLLTPSS RDREDYFDNV TALQGQLQQL 101: FHLHDSGVDQ SFIDTLPVFH YKSIIGLKNY PFDCAVCLCE FETEDKLRLL PKCSHAFHMD CIDTWLLSHS TCPLCRSSLL SDLSSHQDPR SSFLLVLESA 201: SDHSSREIGG DRDSAACVAA NDDIDVSSAH LGLVGNNDLG STRIDSGHGD QYLDGELGGS VGKVVPFSVK LGKFRNIDIG EGTSSNNNIG NSSSLDERRC 301: FSMGSYEYIM DEETTLKVHV STKKQSSKNR GLPGHRTAMS ECGFDPTGRL KFSGSGSMRI VEEAAEKNVV ERESFSVSKI WLRGKKEKHS KVQGKEDSSL 401: VSSSSGRAFS FRLSNQRNHP DAMIESGCEE DNQKCENSES LETKTPSFAR RTMLWLAGRQ NKVVHSSSST NV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)