AT3G17690.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide gated channel 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cyclic nucleotide gated channel family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide gated channel 19 (CNGC19); FUNCTIONS IN: ion channel activity, cyclic nucleotide binding, calmodulin binding; INVOLVED IN: ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide-binding transporter 1 (TAIR:AT3G17700.1); Has 2826 Blast hits to 2760 proteins in 210 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 1491; Fungi - 0; Plants - 890; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 431 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6045382..6048339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 84053.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 729 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAHTRTFTSR NRSVSLSNPS FSIDGFDNST VTLGYTGPLR TQRIRPPLVQ MSGPIHSTRR TEPLFSPSPQ ESPDSSSTVD VPPEDDFVFK NANLLRSGQL 101: GMCNDPYCTT CPSYYNRQAA QLHTSRVSAS RFRTVLYGDA RGWAKRFASS VRRCLPGIMN PHSKFVQVWT RVLAFSSLVA IFIDPLFFFL LLIQQDNKCI 201: AIDWRATKVL VSLRSITDLI FFINILLQFR LAYVAPESRI VGAGQLVDHP RKIARHYFRG KFLLDMFIVF PIPQIMILRI IPLHLGTRRE ESEKQILRAT 301: VLFQYIPKLY RLLPLLAGQT STGFIFESAW ANFVINLLTF MLAGHAVGSC WYLSALQRVK KCMLNAWNIS ADERRNLIDC ARGSYASKSQ RDLWRDNASV 401: NACFQENGYT YGIYLKAVNL TNESSFFTRF SYSLYWGFQQ ISTLAGNLSP SYSVGEVFFT MGIIGLGLLL FARLIGNMHN FLQSLDRRRM EMMLRKRDVE 501: QWMSHRRLPE DIRKRVREVE RYTWAATRGV NEELLFENMP DDLQRDIRRH LFKFLKKVRI FSLMDESVLD SIRERLKQRT YIRSSTVLHH RGLVEKMVFI 601: VRGEMESIGE DGSVLPLSEG DVCGEELLTW CLSSINPDGT RIKMPPKGLV SNRNVRCVTN VEAFSLSVAD LEDVTSLFSR FLRSHRVQGA IRYESPYWRL 701: RAAMQIQVAW RYRKRQLQRL NTAHSNSNR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)