AT3G16240.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : delta tonoplast integral protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Delta tonoplast intrinsic protein, functions as a water channel and ammonium (NH3) transporter. Highly expressed in flower, shoot, and stem. Expression shows diurnal regulation and is induced by ammonium (NH3). Protein localized to vacuolar membrane. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
delta tonoplast integral protein (DELTA-TIP); FUNCTIONS IN: water channel activity, ammonia transmembrane transporter activity, urea transmembrane transporter activity, methylammonium transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transport, urea transport, water transport; LOCATED IN: in 10 components; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tonoplast intrinsic protein 2;3 (TAIR:AT5G47450.1); Has 10937 Blast hits to 10900 proteins in 2182 species: Archae - 87; Bacteria - 5160; Metazoa - 1503; Fungi - 423; Plants - 2497; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1267 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5505534..5506788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25028.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGVAFGSFD DSFSLASLRA YLAEFISTLL FVFAGVGSAI AYAKLTSDAA LDTPGLVAIA VCHGFALFVA VAIGANISGG HVNPAVTFGL AVGGQITVIT 101: GVFYWIAQLL GSTAACFLLK YVTGGLAVPT HSVAAGLGSI EGVVMEIIIT FALVYTVYAT AADPKKGSLG TIAPLAIGLI VGANILAAGP FSGGSMNPAR 201: SFGPAVAAGD FSGHWVYWVG PLIGGGLAGL IYGNVFMGSS EHVPLASADF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)