AT3G53420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plasma membrane intrinsic protein 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
a member of the plasma membrane intrinsic protein subfamily PIP2. localizes to the plasma membrane and exhibits water transport activity in Xenopus oocyte. expressed specifically in the vascular bundles and protein level increases slightly during leaf dev. When expressed in yeast cells can conduct hydrogen peroxide into those cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plasma membrane intrinsic protein 2A (PIP2A); FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: response to water deprivation, response to salt stress, transport, hydrogen peroxide transmembrane transport, water transport; LOCATED IN: plasma membrane, chloroplast, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasma membrane intrinsic protein 2 (TAIR:AT2G37170.1); Has 10900 Blast hits to 10884 proteins in 2233 species: Archae - 81; Bacteria - 5210; Metazoa - 1477; Fungi - 457; Plants - 2523; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19803906..19805454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30475.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKDVEAVPG EGFQTRDYQD PPPAPFIDGA ELKKWSFYRA VIAEFVATLL FLYITVLTVI GYKIQSDTDA GGVDCGGVGI LGIAWAFGGM IFILVYCTAG 101: ISGGHINPAV TFGLFLARKV SLPRALLYII AQCLGAICGV GFVKAFQSSY YTRYGGGANS LADGYSTGTG LAAEIIGTFV LVYTVFSATD PKRSARDSHV 201: PVLAPLPIGF AVFMVHLATI PITGTGINPA RSFGAAVIYN KSKPWDDHWI FWVGPFIGAA IAAFYHQFVL RASGSKSLGS FRSAANV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)