AT3G26520.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : tonoplast intrinsic protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
gamma tonoplast intrinsic protein 2 (TIP2). expressed throughout the plant and transcript level is increased upon NaCl or ABA treatments. NaCl stress-sensitive yeast mutant strains exhibit more resistance to salt when expressing this protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
tonoplast intrinsic protein 2 (TIP2); FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: response to salt stress, transport, defense response to bacterium, hydrogen peroxide transmembrane transport, water homeostasis; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gamma tonoplast intrinsic protein (TAIR:AT2G36830.1); Has 10870 Blast hits to 10853 proteins in 2179 species: Archae - 81; Bacteria - 5139; Metazoa - 1484; Fungi - 429; Plants - 2489; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1248 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9722770..9723703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 25850.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 253 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPTRNIAIGG VQEEVYHPNA LRAALAEFIS TLIFVFAGSG SGIAFNKITD NGATTPSGLV AAALAHAFGL FVAVSVGANI SGGHVNPAVT FGVLLGGNIT 101: LLRGILYWIA QLLGSVAACF LLSFATGGEP IPAFGLSAGV GSLNALVFEI VMTFGLVYTV YATAVDPKNG SLGTIAPIAI GFIVGANILA GGAFSGASMN 201: PAVAFGPAVV SWTWTNHWVY WAGPLIGGGL AGIIYDFVFI DENAHEQLPT TDY |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)