AT3G09770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.909 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT5G03200.1); Has 9681 Blast hits to 6810 proteins in 512 species: Archae - 8; Bacteria - 442; Metazoa - 3215; Fungi - 970; Plants - 3369; Viruses - 475; Other Eukaryotes - 1202 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2996402..2997835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42850.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 388 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNISSSGGE GRRRRRRNHT AAPPPPPPPP SSSLPPPPLP TEIQANPIVF AAVTPYPNPN PNPVYQYPAS YYHHPPPGAM PLPPYDHHLQ HHPPHPYHNH 101: SWAPVAMARY PYAGHMMAQP TPYVEHQKAV TIRNDVNLKK ESLRLEPDPD NPGRFLVSFT FDATVSGRIS VIFFAKESED CKLTATKEDI LPPITLDFEK 201: GLGQKFKQSS GSGIDFSVFE DVELFKAAAD TEIYPLAVKA EAAPSGGENE EEERSGSKNA QITQAVYEKD KGEIKIRVVK QILWVNGTRY ELQEIYGIGN 301: TVEGDDDSAD DANDPGKECV ICLSEPRDTT VLPCRHMCMC SGCAKVLRFQ TNRCPICRQP VERLLEIKVH GNNGSGNNTG QGETVEQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)