AT3G08710.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : thioredoxin H-type 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Associated to plasma membrane. Moves cell to cell, suggesting a role in intercellular communication. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thioredoxin H-type 9 (TH9); INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, cell communication; LOCATED IN: cytosol, nucleus, plasma membrane, plastid; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin, conserved site (InterPro:IPR017937), Thioredoxin-like subdomain (InterPro:IPR006662), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thioredoxin superfamily protein (TAIR:AT3G56420.1); Has 16223 Blast hits to 16135 proteins in 2903 species: Archae - 224; Bacteria - 9339; Metazoa - 1540; Fungi - 676; Plants - 1413; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 3028 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2645590..2646304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15335.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 140 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSCVSKGKG DDDSVHNVEF SGGNVHLITT KESWDDKLAE ADRDGKIVVA NFSATWCGPC KIVAPFFIEL SEKHSSLMFL LVDVDELSDF SSSWDIKATP 101: TFFFLKNGQQ IGKLVGANKP ELQKKVTSII DSVPESPQRP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)