AT4G39890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog H1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog H1C (RABH1c); FUNCTIONS IN: protein binding, GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab6-related (InterPro:IPR015600); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog H1D (TAIR:AT2G22290.1); Has 29075 Blast hits to 29047 proteins in 763 species: Archae - 19; Bacteria - 140; Metazoa - 15282; Fungi - 4003; Plants - 3503; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 6108 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18506112..18507459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23682.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 214 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVSPLAKF KLVFLGDQSV GKTSIITRFM YDKFDTTYQP TIGIDFLSKT MYLEDRTVRL QLWDTAGQER FRSLIPSYIR DSSVAIVVYD VSNRQTFLNT 101: SKWIEDVHRE RGQSNVIIVL VGNKTDLVEK RQVSISEGED KGKEYGVMFI ETSAKENFNI KALFRKIAAA LPGVDSYSLA TKSDDMVDVN LKTTSNSSQG 201: EQQGGAGGGG GCSC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)