AT3G02470.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.793 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosylmethionine decarboxylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a S-adenosylmethionine decarboxylase involved in polyamine biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
S-adenosylmethionine decarboxylase (SAMDC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: S-adenosylmethionine decarboxylase, core (InterPro:IPR016067), S-adenosylmethionine decarboxylase, conserved site (InterPro:IPR018166), S-adenosylmethionine decarboxylase (InterPro:IPR001985), S-adenosylmethionine decarboxylase subgroup (InterPro:IPR018167); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Adenosylmethionine decarboxylase family protein (TAIR:AT5G15950.2); Has 1026 Blast hits to 1010 proteins in 271 species: Archae - 0; Bacteria - 57; Metazoa - 220; Fungi - 150; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 68 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:+:510223..511323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 40405.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 366 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSAIGFEG YEKRLEVTFF EPSIFQDSKG LGLRALTKSQ LDEILTPAAC TIVSSLSNDQ LDSYVLSESS FFVYPYKVII KTCGTTKLLL SIPPLLKLAG 101: ELSLSVKSVK YTRGSFLCPG GQPFPHRSFS EEVSVLDGHF TQLGLNSVAY LMGNDDETKK WHVYAASAQD SSNCNNNVYT LEMCMTGLDR EKAAVFYKDE 201: ADKTGSMTDN SGIRKILPKS EICDFEFEPC GYSMNSIEGD AISTIHVTPE DGFSYASFEA VGYDFNTLDL SQLVTRVLSC FEPKQFSVAV HSSVGANSYK 301: PEITVDLEDY GCRERTFESL GEESGTVMYQ TFEKLGKYCG SPRSTLKCEW SSNNSCSSED EKDEGI |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)