AT5G47560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tonoplast dicarboxylate transporter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a tonoplast malate/fumarate transporter. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tonoplast dicarboxylate transporter (TDT); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sodium/sulphate symporter (InterPro:IPR001898); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19287895..19290347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58101.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGGDVTVAG SDDLKSPLLP VVHNDEPFER QTVGQQLRTI FTPKNCYIAL GPLLCAVVCL CVDLGGDETT TARNMLGVLV WMFAWWLTEA VPMPITSMTP 101: LFLFPLFGIS AADDVANSYM DDVISLVLGS FILALAVEHY NIHRRLALNI TLVFCVEPLN APLLLLGICA TTAFVSMWMH NVAAAVMMMP VATGILQRLP 201: SSSSTTEVVH PAVGKFSRAV VLGVIYSAAV GGMSTLTGTG VNLILVGMWK SYFPEADPIS FSQWFFFGFP LALCIFVVLW CVLCVMYCPK GAGQALSPYL 301: HKSHLRRELD LLGPMNFAEK MVLAVFGGLV VLWMTRNITD DIPGWGRIFA GRAGDGTVSV MMATLLFIIP SNIKKGEKLM DWNKCKKLPW NIVLLLGAGF 401: AIADGVRTSG LAEVLSKGLV FLETAPYWAI APTVCLIAAT ITEFTSNNAT TTLLVPLLIE IAKNMGIHPL LLMVPGAIGA QFAFLLPTGT PSNVVGFTTG 501: HIEIKDMIKT GLPLKIAGTI FLSILMPTLG AYVFASMGGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)