AT2G39050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.531 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hydroxyproline-rich glycoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ricin B-related lectin (InterPro:IPR008997), Ricin B lectin (InterPro:IPR000772); Has 1708 Blast hits to 1449 proteins in 222 species: Archae - 0; Bacteria - 47; Metazoa - 514; Fungi - 386; Plants - 615; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 141 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16303427..16305336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35649.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEHHHQHHRH HQRDDGEDDR QSFGVPPPHV DAPPQPHGLY QSQPHFDPYA PTPQAPAPYR SETQFEPHAP PPYRSEPYFE TPAPPPSFGH VSHVGHQSPN 101: ESYPPEHHRY GGYQQPSNSL LESHGDHSGV THVAHHSSNQ PQSSSGVYHK PDENRLPDNL AGLAGRATVK VYSKAEPNYN LTIRDGKVIL APADPSDEAQ 201: HWYKDEKYST KVKDADGHPC FALVNKATGE AMKHSVGATH PVHLIRYVPD KLDESVLWTE SKDFGDGYRT IRMVNNTRLN VDAYHGDSKS GGVRDGTTIV 301: LWDWNKGDNQ LWKIFPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)