AT5G65990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Transmembrane amino acid transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Transmembrane amino acid transporter family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transmembrane amino acid transporter family protein (TAIR:AT2G42005.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26394955..26396321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46251.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 427 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRYDQEAGSS SHSLPSGSSS HSLPPTEDTP LLGPRTLSSQ PKTFANVFIA IVGAGVLGLP YTFKKTGWLL GLLTLLFVSS LTFFCMMLLV HTRRKLESLS 101: GFNSITSFGD LGESVCGPAG RLVVDVMLVL SQSGFCVSYL IFVATTMANL LSRGTEHILG LDAASIYLWG CFPFQLGLNS IPSLTHLAPL SIFADIVDVA 201: ATLVVMVQDV FIFLKRRPPL RVFGGVSVFF YGLGVAVYAF EGIGMVLPLE LEAKYKDKFG RALGLAMGLI SIMYGAFGLL GYMAYGEETK DIITTNLGTG 301: VVSTLVQLGL AINLFFTFPL MMQPVYEVVE RRLCSSRYSV WVRWATVLVV TLVALLVPNF ADFLSLVGSS VCVVLGFVLP SLFHLQAFKN ELSITRIVVD 401: VLVFLIGVMI AITGTWTAVH EILTSKA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)