AT2G04350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
long-chain acyl-CoA synthetase 8 (LACS8); FUNCTIONS IN: long-chain fatty acid-CoA ligase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long chain acyl-CoA synthetase 9 (TAIR:AT1G77590.1); Has 68120 Blast hits to 56487 proteins in 3592 species: Archae - 1085; Bacteria - 46156; Metazoa - 2682; Fungi - 3484; Plants - 2089; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 12622 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1516086..1519178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78347.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 720 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDSGVNPMD SPSKGSDFGV YGIIGGGIVA LLVPVLLSVV LNGTKKGKKR GVPIKVGGEE GYTMRHARAP ELVDVPWEGA ATMPALFEQS CKKYSKDRLL 101: GTREFIDKEF ITASDGRKFE KLHLGEYKWQ SYGEVFERVC NFASGLVNVG HNVDDRVAIF SDTRAEWFIA FQGCFRQSIT VVTIYASLGE EALIYSLNET 201: RVSTLICDSK QLKKLSAIQS SLKTVKNIIY IEEDGVDVAS SDVNSMGDIT VSSISEVEKL GQKNAVQPIL PSKNGVAVIM FTSGSTGLPK GVMITHGNLV 301: ATAAGVMKVV PKLDKNDTYI AYLPLAHVFE LEAEIVVFTS GSAIGYGSAM TLTDTSNKVK KGTKGDVSAL KPTIMTAVPA ILDRVREGVL KKVEEKGGMA 401: KTLFDFAYKR RLAAVDGSWF GAWGLEKMLW DALVFKKIRA VLGGHIRFML VGGAPLSPDS QRFINICMGS PIGQGYGLTE TCAGATFSEW DDPAVGRVGP 501: PLPCGYVKLV SWEEGGYRIS DKPMPRGEIV VGGNSVTAGY FNNQEKTDEV YKVDEKGTRW FYTGDIGRFH PDGCLEVIDR KKDIVKLQHG EYVSLGKVEA 601: ALGSSNYVDN IMVHADPINS YCVALVVPSR GALEKWAEEA GVKHSEFAEL CEKGEAVKEV QQSLTKAGKA AKLEKFELPA KIKLLSEPWT PESGLVTAAL 701: KIKREQIKSK FKDELSKLYA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)