AT2G38740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (InterPro:IPR005834), Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase (InterPro:IPR005833), HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3 (InterPro:IPR006402); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein (TAIR:AT1G56500.1); Has 17978 Blast hits to 17978 proteins in 2581 species: Archae - 265; Bacteria - 14433; Metazoa - 167; Fungi - 429; Plants - 387; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 2294 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16194639..16195995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26733.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 244 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGFSDLNPS ESKPSLSQLA PLEAILFDVD GTLCDSDPIH LIAFQELLQE IGFNNGVPID EKFFVENIAG KHNSEIALLL FPDDVSRGLK FCDEKEALYR 101: KIVAEKIKPL DGLIKLTKWI EDRGLKRAAV TNAPKENAEL MISKLGLTDF FQAVILGSEC EFPKPHPGPY LKALEVLNVS KEHTLVFEDS ISGIKAGVAA 201: GMPVIGLTTG NPASLLMQAK PAFLIENYAD PKLWAVLEEL DNKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)