AT5G20410.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.998 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : monogalactosyldiacylglycerol synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a type B monogalactosyldiacylglycerol (MGDG) synthase. Strongly induced by phosphate deprivation, and in non-photosynthetic tissues. Does not contribute to galactolipid synthesis under Pi-sufficient conditions but does under Pi starvation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
monogalactosyldiacylglycerol synthase 2 (MGD2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Monogalactosyldiacylglycerol synthase (InterPro:IPR009695), Glycosyl transferase, family 28, C-terminal (InterPro:IPR007235); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: monogalactosyldiacylglycerol synthase type C (TAIR:AT2G11810.1); Has 1572 Blast hits to 1572 proteins in 585 species: Archae - 0; Bacteria - 1385; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 105; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 82 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6896765..6898581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52729.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 468 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTVMALAE KVLERVYGTS KSAVSVTSGD GEKTHRHTHH HIHRIKSYDD IDEDESSLEL IQIGAERTKN VLILMSDTGG GHRASAEAIR DAFKIEFGDK 101: YRVIVKDVWK EYTGWPLNDM ERSYKFMVKH VQLWKVAFHS TSPKWIHSCY LAAIAAYYAK EVEAGLMEYK PEIIISVHPL MQHIPLWVLK WQELQKRVLF 201: VTVITDLNTC HPTWFHPGVN RCYCPSQEVA KRALFDGLDE SQVRVFGLPV RPSFARAVLV KDDLRKELEM DQDLRAVLLM GGGEGMGPVK ETAKALEEFL 301: YDKENRKPIG QMVVICGRNK KLASALEAID WKIPVKVRGF ETQMEKWMGA CDCIITKAGP GTIAESLIRS LPIILNDYIP GQEKGNVPYV VENGAGVFTR 401: SPKETARIVG EWFSTKTDEL EQTSDNARKL AQPEAVFDIV KDIDELSEQR GPLASVSYNL TSSFASLV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)