AT2G38560.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : transcript elongation factor IIS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RNA polymerase II transcript elongation factor TFIIS. Complements yeast TFIIS mutation. Mutant plants display essentially normal development, but they flower slightly earlier than the wild type and show clearly reduced seed dormancy. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
transcript elongation factor IIS (TFIIS); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, TFIIS-type (InterPro:IPR001222), Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type (InterPro:IPR003617), Transcription elongation factor S-II, central domain (InterPro:IPR003618), Transcription factor IIS, N-terminal (InterPro:IPR017923), Transcription elongation factor S-IIM (InterPro:IPR017890), Transcription elongation factor, IIS (InterPro:IPR016492), Transcription elongation factor, TFIIS (InterPro:IPR006289), Transcription elongation factor, TFIIS/elongin A/CRSP70, N-terminal (InterPro:IPR010990); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT2G42730.1); Has 1858 Blast hits to 1830 proteins in 294 species: Archae - 58; Bacteria - 2; Metazoa - 702; Fungi - 370; Plants - 279; Viruses - 52; Other Eukaryotes - 395 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16134802..16136319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41981.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESDLIDLFE GAKKAADAAA LDGVTSSGPE VSQCIDALKQ LKKFPVTYDT LVATQVGKKL RSLAKHPVED IKSVATDLLE IWKKVVIEET AKAKKTEGTN 101: GCKEAKVNKM DVEKPSNPAP VKVQKLQRGD SAKSIKVERK EPDNKVVTGV KIERKVPDIK VTNGTKIDYR GQAVKDEKVS KDNQSSMKAP AKAANAPPKL 201: TAMLKCNDPV RDKIRELLVE ALCRVAGEAD DYERESVNAS DPLRVAVSVE SLMFEKLGRS TGAQKLKYRS IMFNLRDSNN PDLRRRVLTG EISPEKLITL 301: SAEDMASDKR KQENNQIKEK ALFDCERGLA AKASTDQFKC GRCGQRKCTY YQMQTRSADE PMTTYVTCVN CDNHWKFC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)